Mientras que muchos orgánulos membranosos están interconectados (como el retículo endoplásmico y el aparato de Golgi) o se comunican a través de vesículas (como el Golgi a los lisosomas), hay dos orgánulos clave que se destacan como independientes :

1. peroxisomas: Estos pequeños orgánulos esféricos están involucrados en la descomposición y la desintoxicación de los ácidos grasos. Tienen su propio conjunto único de enzimas y se cree que se forman a través de la auto-replicación (no en ciernes de otros orgánulos).

2. mitocondrias: Estos orgánulos poderosos responsables de la respiración celular tienen su propio ADN y se cree que se originaron en bacterias antiguas que se incorporaron a las células eucariotas. Se reproducen independientemente por fisión binaria.

Nota importante: Todavía existe una investigación activa sobre el potencial de algún nivel de comunicación o interacción entre los peroxisomas y otros orgánulos. Sin embargo, en comparación con la red interconectada del sistema endomembrana, generalmente se consideran más aislados.