Específicamente, los que causan enfermedad se llaman protozoos patógenos . Son responsables de una amplia gama de infecciones en humanos y animales. Algunos ejemplos de protozoos patógenos incluyen:
* amebas (como _entamoeba histolytica_) que causan amebiasis, una infección intestinal grave.
* flagellates (como _giardia lamblia_) que causan giardiasis, una infección intestinal común.
* esporozoos (como _Plasmodium falciparum_) que causan malaria, una enfermedad mortal transmitida por mosquitos.
* cilia (como _balantidium coli_) que puede causar disentería, una infección intestinal.
Estos protozoos causan daño al liberar enzimas o toxinas que matan las células e interrumpen la función del tejido.