He aquí por qué:
* Las bacterias pertenecen a las bacterias del dominio (anteriormente Kingdom Monera). Protista es un reino dentro del dominio Eukarya.
* Los protistas son organismos eucariotas. Esto significa que tienen un núcleo y otros orgánulos unidos a la membrana dentro de sus células.
* Las bacterias son organismos procariotas. Carecen de un núcleo y otros orgánulos unidos a la membrana.
Entonces, aunque tanto las bacterias como los protistas son organismos microscópicos, son fundamentalmente diferentes en su estructura celular e historia evolutiva.