1. Un núcleo: Los protistas son eucariotas, lo que significa que tienen un verdadero núcleo que encierra su ADN. Las bacterias son procariotas, y su ADN se encuentra en una región llamada nuceoide, que no está encerrada por una membrana.
2. Organelos: Los protistas tienen varios orgánulos unidos a la membrana, como las mitocondrias, el aparato de Golgi y el retículo endoplásmico. Estos orgánulos son responsables de llevar a cabo funciones específicas dentro de la celda. Las bacterias carecen de estos orgánulos complejos.
Si bien hay algunas excepciones (por ejemplo, algunas bacterias tienen estructuras unidas a la membrana que se asemejan a los orgánulos), en general, la presencia de un núcleo y otros orgánulos unidos a la membrana están definiendo características que distinguen a los protistas de las bacterias.