¡Esa es una gran pregunta! Las endonucleasas en realidad no cortan el ADN "entre" los extremos 5 'y 3'. Se cortan dentro del hilo de ADN en sí, y su actividad está determinada por la secuencia de bases que reconocen. He aquí por qué:

* Estructura de ADN: El ADN es una doble hélice compuesta por dos hilos antiparalelos. Un hilo corre de 5 'a 3', y el otro corre de 3 'a 5'.

* Objetivos de endonucleasas: Las endonucleasas son enzimas que rompen los enlaces de fosfodiéster dentro de una cadena de ADN. Tienen sitios de reconocimiento específicos, que son secuencias cortas de bases.

* Especificidad de corte: Una endonucleasa solo cortará en su sitio de reconocimiento, independientemente de la direccionalidad general de 5 'a 3' de la cadena de ADN.

Aquí hay un ejemplo simplificado:

Imagine que una endonucleasa reconoce la secuencia "Gaattc". Se cortará dentro de esta secuencia, independientemente de si el hilo en el que está actuando es la cadena 5 'a 3' o el hilo de 3 'a 5'.

En resumen: Las endonucleasas no cortan "entre" los extremos 5 'y 3' de la molécula de ADN. Cortaron * dentro de * la cadena en secuencias específicas que reconocen. Su acción está dictada por la secuencia base y no por la direccionalidad del hilo de ADN.