Los grupos funcionales siempre que se encuentran en los aminoácidos son:

* grupo amino (-nh2) :De ahí proviene el "amino" en aminoácido.

* Grupo de ácido carboxílico (-Cooh) :Esto es lo que le da a los aminoácidos sus propiedades ácidas.

Estos dos grupos son los que definen un aminoácido. La cadena lateral, o grupo R, es lo que varía entre diferentes aminoácidos, dándoles sus propiedades únicas.