Las bacterias que pueden sobrevivir sin la presencia de oxígeno se llaman bacterias anaeróbicas. Son capaces de generar energía mediante procesos distintos a la respiración aeróbica, como la fermentación o la respiración anaeróbica. Algunos ejemplos de bacterias anaeróbicas incluyen:

- Clostridium botulinum:Esta bacteria produce la neurotoxina que causa el botulismo, una forma grave de intoxicación alimentaria. Se encuentra en el suelo y puede contaminar productos alimenticios como los productos enlatados.

- Escherichia coli (E. coli):Algunas cepas de E. coli son anaeróbicas y pueden provocar infecciones como infecciones del tracto urinario e intoxicaciones alimentarias.

- Bacteroides fragilis:esta bacteria forma parte de la flora intestinal normal pero puede provocar infecciones si penetra en otras partes del cuerpo, como el torrente sanguíneo o la cavidad abdominal.

- Metanógenos:estas bacterias producen metano como subproducto de su metabolismo y se encuentran en ambientes como pantanos, marismas y vertederos.