Características Morfológicas: Inicialmente, los organismos recién descubiertos se clasifican en función de sus características morfológicas, como rasgos físicos, estructuras y apariencia general. Los científicos examinan varios aspectos como el tamaño, la forma, la coloración, la estructura corporal, los apéndices y los rasgos únicos. La clasificación morfológica sirve como paso preliminar para comprender las características generales del organismo e identificar similitudes con especies conocidas.

Análisis molecular: Los avances en biología molecular han hecho de la secuenciación del ADN una herramienta vital en la taxonomía moderna. Los científicos extraen ADN del organismo y analizan su material genético. Al comparar secuencias de ADN con las de organismos conocidos, pueden determinar la relación genética y las relaciones evolutivas. El análisis de ADN permite una clasificación más precisa y ayuda a identificar nuevas especies incluso si tienen morfologías similares.

Análisis Bioquímico: Para la clasificación también se pueden utilizar características bioquímicas, como la presencia de proteínas, enzimas u otros marcadores bioquímicos específicos. Estos marcadores pueden proporcionar información sobre el metabolismo, la fisiología y la composición genética del organismo. El análisis bioquímico complementa los datos morfológicos y moleculares, ofreciendo una comprensión integral de las características biológicas del organismo.

Datos ecológicos y de comportamiento: La información sobre el hábitat, las interacciones ecológicas, el comportamiento y el ciclo de vida del organismo puede contribuir a su clasificación. Estudiar dónde vive un organismo, sus interacciones con otras especies y sus comportamientos únicos puede revelar pistas importantes sobre su historia evolutiva y sus relaciones con otros organismos.

Evidencia paleontológica: En el caso de organismos extintos, los datos paleontológicos, como los registros fósiles, pueden proporcionar información valiosa para la clasificación. Al examinar los restos fosilizados, los científicos pueden obtener información sobre la morfología, la anatomía y las relaciones evolutivas del organismo, ayudando a ubicarlo dentro del contexto más amplio del Árbol de la Vida.

Es importante señalar que los sistemas de clasificación son dinámicos y evolucionan continuamente a medida que se realizan nuevos descubrimientos e información. Los científicos utilizan una combinación de estos criterios e integran varias líneas de evidencia para asignar un organismo recién descubierto al grupo taxonómico más apropiado y determinar sus relaciones evolutivas con las especies existentes.