1. Ingestión: Los protistas que ingieren alimentos envuelven a sus presas enteras, utilizando vacuolas de alimentos temporales para digerirlas. Este método lo utilizan las amebas, los paramecios y otros ciliados.

2. Ósmosis: Los protistas que absorben alimentos por ósmosis absorben nutrientes disueltos a través de sus membranas celulares. Este método es utilizado por algunas especies de flagelados y dinoflagelados.

3. Pinocitosis: La pinocitosis es un proceso en el que los protistas absorben líquidos y solutos formando pequeñas bolsas en sus membranas celulares. Este método lo utilizan algunas especies de amebas y ciliados.