Las bacterias tienen un genoma bien definido, que es el conjunto completo de moléculas de ADN que transportan la información genética del organismo. Las bacterias no poseen genes ocultos fuera de su genoma. Sin embargo, las bacterias pueden adquirir nuevos genes mediante la transferencia horizontal de genes, donde los genes se transfieren entre diferentes organismos, como mediante la absorción de ADN o virus extraños.