Cuando escuchas sobre el microbioma intestinal, ¿alguna vez te hace preguntarte qué pequeñas criaturas están pululando dentro de tu propio cuerpo? Como microbiólogo que estudia los microbiomas de plantas, animales y personas, he visto crecer el interés público en los microbios intestinales junto con la investigación sobre su posible influencia dramática en la salud humana. En los últimos años, las técnicas de prueba de microbiomas utilizadas por investigadores como yo ahora están disponibles para los consumidores en el hogar. Estos kits personales de prueba de microbioma intestinal afirman decirle qué organismos viven en su intestino y cómo mejorar su microbioma intestinal utilizando esos datos.

Me interesé mucho en cómo funcionan estos kits de prueba caseros, qué tipo de información brindan y si realmente pueden ayudarlo a cambiar su microbioma intestinal. Así que pedí algunos kits de Viome, Biohm y Floré, los probé y examiné mis propios datos de microbioma. Esto es lo que aprendí.

¿Cómo funcionan los kits de microbioma intestinal?

Todos los kits de microbioma intestinal requieren que recopile cuidadosamente la materia fecal fresca. Lo coloca en los diversos tubos proporcionados en el kit y envía las muestras por correo a la empresa. Varias semanas después, recibirá un informe que describe los tipos de microbios que viven en su intestino y sugerencias sobre cómo cambiar su dieta o actividades para alterar potencialmente su microbioma intestinal.

Lo que los consumidores no saben exactamente es cómo las empresas generan los datos del perfil microbiano de su muestra fecal. Un enfoque típico que yo y otros investigadores de microbiomas usamos es extraer y decodificar el material genético microbiano de una muestra. Usamos ese material genético para identificar qué especies de microbios están presentes. El desafío es que este proceso se puede realizar de muchas maneras diferentes y no existen estándares ampliamente aceptados sobre cuál es el mejor método.

Por ejemplo, los análisis de microbiomas se pueden realizar en dos tipos de material genético, ARN o ADN. Si el perfil se basa en el ADN, puede brindarle una instantánea solo de qué tipos de microbios están presentes, no qué genes microbianos están activos o qué actividades están realizando en su cuerpo. Por otro lado, si el perfil se basa en el ARN, puede decirle no solo qué microbios están presentes, sino también si están desempeñando un papel en su digestión o produciendo metabolitos que pueden reducir la inflamación intestinal, entre otras funciones. Viome genera sus perfiles analizando el ARN, mientras que las otras empresas utilizan el ADN.

Otras opciones de análisis de datos, como cómo se clasifican los diferentes tipos de secuencias genéticas o qué bases de datos se utilizan para identificar los microbios, también pueden afectar el nivel de detalle y la utilidad de los datos finales. Los científicos de microbiomas suelen ser muy cuidadosos al señalar estos matices cuando interpretan sus propios datos en artículos científicos, pero estos detalles no se presentan claramente en los kits de microbiomas caseros.

Lo que aprendí sobre mi microbioma intestinal

Aunque utilicé la misma muestra fecal para cada kit, la mezclé bien para asegurar la uniformidad, me sorprendió que cada uno de los tres productos que probé me dieron diferentes impresiones de mi microbioma intestinal.

Cada empresa otorga una "puntuación" general sobre cómo se compara su microbioma con lo que consideran "bueno" o "saludable". Mis puntajes oscilaron entre el 39 % (no muy bueno) y el 72 % (bueno). Curiosamente, Viome, que infiere la actividad microbiana mediante el uso de ARN, obtuvo la puntuación más baja. Señaló que ciertas actividades microbianas que ocurren en mi intestino, como la producción de metano y la eficiencia de la digestión, no eran óptimas.

También me sorprendió la variación en la diversidad microbiana total que informó cada empresa. Si bien hubo un acuerdo general en los grupos generales de microbios presentes a nivel de phylum, una agrupación biológica más general, hubo una gran variedad de variación a nivel de especie, la agrupación más específica. Una empresa reportó 527 especies de microbios en mi microbioma, mientras que otra reportó 312. Una reportó solo 27.

Quizás el hallazgo más sorprendente fue que mi intestino puede albergar un microbio que podría (¡hay muchas advertencias aquí!) Plantearme un problema en el futuro si tengo ciertas situaciones médicas. Aunque todas las empresas buscaron explícitamente este microbio en mi muestra de microbioma intestinal, solo dos lo encontraron. Si bien no nombraré el microbio exacto para proteger la privacidad de mi salud, no me preocupa demasiado este resultado porque se necesita más información, como la secuenciación completa del genoma del microbio, para comprender mejor si se trata realmente de una cepa preocupante de este microbio. Pero este hallazgo apunta a una variación sorprendente en los resultados entre diferentes kits de prueba.

¿Estos datos realmente pueden mejorar su microbioma intestinal?

Muchos científicos del microbioma como yo probablemente argumentarían que los datos que brindan estos kits son limitados en términos de brindarle el poder de alterar su salud. Esto se debe en parte a que la ciencia del microbioma intestinal sigue siendo un campo nuevo con muchas preguntas sin respuesta.

One challenge is that different people can have different proportions of microbes present in their gut. This variation has made it difficult for scientists and health professionals to agree on what type of microbial community makes a gut "healthy." Some specific species, such as the bacterium C. diff , and some broad groups, like Proteobacteria, are usually considered undesirable in high amounts. But there is no clear consensus on why one microbiome might be better than another.

Even if you did try to improve your gut microbiome based on what your gut test told you, the results might not turn out as you hoped. Probiotics or diet changes can alter the diversity of your gut microbiome and how it functions, but studies often find that each person can have different responses to these interventions, possibly because of their own unique microbiome composition. The personalized ecology of gut microbial communities, combined with genetics, diet and other factors, makes it challenging to prescribe universal solutions.

So why bother getting a gut microbiome test? For me, it was illuminating to learn what microbes I carry around with me each day. When I eat my lunch, go for a run or get stressed out, the microbes in my gut respond to changes in my body. Researchers may not completely understand what those changes mean and how to manage our microbial partners, but getting to know who they are is a great first step.