1. Difícil de controlar y manipular: Los rayos cósmicos se producen naturalmente, y sus propiedades, como la energía y la dirección del viaje, no se controlan fácilmente. Esto hace que sea difícil utilizarlos para aplicaciones específicas, a diferencia de las fuentes de radiación hechas por el hombre que pueden ser manipuladas.
2. Riesgos potenciales para la salud: Los rayos cósmicos de alta energía pueden interactuar con la materia, incluido el tejido vivo, y potencialmente causar daño. Si bien la intensidad de los rayos cósmicos es generalmente baja, la exposición prolongada, especialmente a altas altitudes o en el espacio, puede aumentar el riesgo de enfermedad de la radiación y cáncer.