El aislamiento geográfico es un factor crucial en la especiación, ya que crea barreras que impiden el flujo de genes entre poblaciones de la misma especie. Cuando las poblaciones están separadas por barreras geográficas, como montañas, ríos u océanos, no pueden cruzarse. Con el tiempo, estas poblaciones aisladas pueden divergir genéticamente y quedar reproductivamente aisladas. Este proceso de especiación alopátrica es un mecanismo importante para la formación de nuevas especies.

Existen numerosos ejemplos de aislamiento geográfico que conducen a la especiación. Por ejemplo, los pinzones de Darwin que Charles Darwin observó durante su viaje en el HMS Beagle ejemplifican la especiación alopátrica. Las diferentes especies de pinzones de Darwin divergieron de un ancestro común a medida que colonizaron las diferentes islas del archipiélago de Galápagos. Con el aislamiento geográfico, la selección natural jugó un papel importante en las variaciones observadas en la morfología de su cuerpo, especialmente dentro de las estructuras de sus picos, en respuesta a nichos ecológicos específicos encontrados en cada isla.

Sin embargo, el aislamiento geográfico no es un requisito absoluto para la especiación. La especiación simpátrica y la especiación parapátrica son dos procesos distintos de especiación que pueden ocurrir en ausencia de un aislamiento geográfico completo.