El propio Darwin propuso dos teorías. En primer lugar, conjeturó que el sexo puede ser ventajoso porque permite eliminar mutaciones dañinas. En segundo lugar, propuso que el sexo puede estimular el cambio evolutivo al reorganizar constantemente las "cartas" genéticas.
La teoría evolutiva moderna generalmente apoya la segunda de las ideas de Darwin, la del sexo como motor del cambio evolutivo. Es importante destacar que los modelos teóricos indican que el sexo sólo puede promover la adaptación evolutiva (es decir, aumentar la aptitud física) si el entorno y las fuerzas selectivas asociadas están cambiando.
Para la mayoría de los organismos, los entornos fluctúan continuamente debido a los patrones climáticos cambiantes, la alteración del suministro de alimentos, la propagación de enfermedades, la invasión de competidores, etc. En tales condiciones, la recombinación y el sexo ayudan a sostener la adaptación al producir nuevas combinaciones de genes. Es importante destacar que, dado que es poco probable que las nuevas combinaciones de genes sean dañinas y potencialmente beneficiosas, la mayoría de los descendientes producidos mediante reproducción sexual tienen una aptitud física cercana a la de sus padres (un hecho conocido como "trinquete de Muller"). Esta solidez permite que las poblaciones sobrevivan al cambio ambiental y persistan en el largo plazo.
La ventaja a largo plazo del sexo es el mantenimiento y la evolución de la diversidad genética, asegurando la persistencia de las especies en escalas de tiempo geológicas.
