El carbono se encuentra en el agua y los sedimentos de lagos, ríos, arroyos, estuarios, las profundidades del océano, aguas subterráneas y acuíferos, casquetes polares y humedales. El carbono en estos sistemas acuáticos se puede clasificar como materia orgánica disuelta, materia orgánica particulada y materia inorgánica u organismos vivos como bacterias, diatomeas, dinoflagelados, peces, hongos, plantas acuáticas, zooplancton, algas, cangrejos de río, mejillones, medusas, leones marinos, morsas, tiburones, ballenas, tortugas, etc.
