Si bien a menudo se hace referencia a la fijación de nitrógeno como el proceso que devuelve nitrógeno a la atmósfera, es importante tener en cuenta que la fijación de nitrógeno implica principalmente la conversión del nitrógeno atmosférico en compuestos utilizables, en lugar de liberar nitrógeno nuevamente al aire.
La liberación de nitrógeno a la atmósfera se produce principalmente mediante la desnitrificación, que es un proceso llevado a cabo por ciertas bacterias en el suelo y el agua. Durante la desnitrificación, las bacterias convierten los nitratos o nitritos en gas nitrógeno (N2), que luego se libera a la atmósfera.