La masa de un átomo se organiza en dos regiones:el núcleo y la nube de electrones. El núcleo, situado en el centro del átomo, contiene la mayor parte de la masa del átomo y está compuesto por protones y neutrones. Los protones tienen carga eléctrica positiva, mientras que los neutrones no tienen carga. Los electrones, que tienen una carga eléctrica negativa, orbitan alrededor del núcleo en la nube de electrones.

La masa de un átomo se debe principalmente a los protones y neutrones del núcleo. Tanto los protones como los neutrones son bariones, que son partículas subatómicas que forman la materia. Cada protón tiene una masa de aproximadamente 1 unidad de masa atómica (uma) y cada neutrón tiene una masa de aproximadamente 1 uma. Los electrones, por otro lado, tienen una masa mucho menor, y cada electrón contribuye sólo alrededor de 1/1836 uma a la masa total de un átomo.

La masa total de un átomo se puede calcular sumando las masas de todos sus protones y neutrones. Por ejemplo, la masa de un átomo de carbono 12 es de aproximadamente 12 uma porque tiene seis protones y seis neutrones.

La disposición de los protones, neutrones y electrones dentro de un átomo determina las propiedades y el comportamiento del átomo. La cantidad de protones en el núcleo define el elemento, mientras que la cantidad de electrones en la nube de electrones determina las reacciones químicas del átomo y las interacciones con otros átomos.