Los protones se encuentran dentro del núcleo de un átomo, que es la parte central y más masiva del átomo. El núcleo contiene protones y neutrones, que en conjunto se denominan nucleones. Los protones llevan una carga eléctrica positiva, mientras que los neutrones son eléctricamente neutros. La cantidad de protones en el núcleo determina el número atómico de un elemento y es lo que distingue un elemento de otro. Por ejemplo, todos los átomos con un protón son átomos de hidrógeno, los que tienen dos protones son átomos de helio, y así sucesivamente.