El principio básico de un motor molecular es que tiene una cabeza que se une a una molécula específica, llamada sustrato. Luego, la cabeza sufre un cambio conformacional que hace que el sustrato se mueva. Luego, el motor puede repetir este ciclo para mover el sustrato en una dirección específica.
Para cambiar de marcha, un motor molecular debe cambiar el tamaño del paso que da. Esto se puede hacer cambiando el ángulo del cabezal o cambiando la longitud del brazo de palanca.
El ángulo de la cabeza está determinado por la fuerza de la unión entre la cabeza y el sustrato. Cuanto más fuerte sea la unión, menor será el ángulo de la cabeza y más corto será el tamaño del paso.
La longitud del brazo de palanca está determinada por la distancia entre la cabeza y el fulcro. Cuanto más largo sea el brazo de palanca, mayor será el tamaño del paso.
Al cambiar el ángulo del cabezal y la longitud del brazo de palanca, un motor molecular puede cambiar de marcha y mover su sustrato a diferentes velocidades.