Las proteínas no funcionan de forma aislada, y sus interacciones con otras proteínas definen sus funciones celulares. Por lo tanto, La comprensión detallada de las interacciones proteína-proteína (PPI) es la clave para descifrar la regulación de las redes y vías celulares. Estas redes complejas de asociaciones estables y transitorias pueden estudiarse mediante espectrometría de masas de purificación por afinidad (AP-MS) y métodos complementarios de etiquetado basados ​​en proximidad como BioID.

En un estudio publicado en Comunicaciones de la naturaleza , un equipo de investigación dirigido por el Dr. Markku Varjosalo de la Universidad de Helsinki desarrolló un enfoque optimizado e integrado que combina AP-MS y BioID en un solo flujo de trabajo. Además de aprovechar las ventajas de ambas estrategias, los autores muestran que su enfoque permite la identificación y cuantificación de interacciones proteína-proteína y estequiometrías de complejos proteicos, identificación de interacciones transitorias o de proximidad con BioID, visualización de la proteína cebo y los interactores proximales con microscopía de inmunofluorescencia, y definir el contexto molecular con microscopía de MS utilizando el conjunto de datos de referencia obtenido mediante la identificación de interactores proximales para marcadores de localización subcelular genuinos.

Los autores muestran que la microscopía de EM permite asignar la proteína estudiada a su ubicación celular correcta o incluso subcelular con una resolución incluso mayor que con la microscopía confocal. "Este estudio es un continuo de nuestros rigurosos esfuerzos en el desarrollo de nuevas herramientas de biología de sistemas para estudiar las interacciones moleculares formadas por proteínas. Hemos probado previamente que AP-MS es un método altamente reproducible, que también es adecuado para estudios a gran escala e interlaboratorios ", Dice el Dr. Varjosalo. "Nuestro flujo de trabajo integrado recientemente desarrollado y el mapa de proteoma de contexto molecular de referencia, permite una manera fácil de probar la localización molecular de (m) cualquier proteína (s). La etiqueta MAC desarrollada y el enfoque integrado deberían potenciar, no solo la comunidad de proteómica de interacción, pero también celular, biólogos moleculares y estructurales, con un flujo de trabajo integrado probado experimentalmente para mapear en detalle las interacciones físicas y funcionales y el contexto molecular de las proteínas en las células humanas ".