Es considerado el padre de la taxonomía, la ciencia de la clasificación de los organismos. Su sistema, conocido como Taxonomía Linnaean, utiliza un sistema jerárquico de clasificación, con organismos agrupados en categorías cada vez más específicas:
* Reino
* Phylum
* clase
* orden
* familia
* género
* especies
El trabajo de Linnaeo fue innovador para su tiempo y sentó las bases para la clasificación biológica moderna.