* 9 + 2 disposición de microtúbulos: Ambas estructuras tienen un núcleo de microtúbulos dispuestos en un patrón específico. Hay nueve pares de microtúbulos dispuestos en un anillo alrededor de un par central. Esta disposición se llama estructura "9 + 2".
* Cuerpo basal: Tanto los cilios como los flagelos se originan en un cuerpo basal, que es una estructura que los ancla a la célula. El cuerpo basal también es estructuralmente similar a un centríolo.
* Dynein Arms: Estos motores moleculares están unidos a los microtúbulos y usan ATP para generar la fuerza para el movimiento.
* Membrana de plasma: Ambas estructuras están cubiertas por una membrana plasmática, que es una continuación de la membrana plasmática de la célula.
Estas características compartidas indican un origen evolutivo común y un mecanismo de movimiento.
