* Naturaleza microscópica: Las arqueas y las bacterias son organismos unicelulares, invisibles a simple vista. Los microscopios no fueron lo suficientemente avanzados en el tiempo de Linneo para observar y diferenciar estas pequeñas formas de vida.
* similitudes: Las bacterias y las arqueas comparten algunas similitudes superficiales en su morfología (forma y estructura). Linneo agrupó todos los organismos unicelulares que observó bajo el reino "animal" (más tarde renombrado "Monera").
* Comprensión limitada de la bioquímica: Las diferencias fundamentales entre arquea y bacterias, particularmente su bioquímica y genética, no se descubrieron hasta mucho más tarde. Los distintos caminos evolutivos y las características bioquímicas únicas de las arqueas no eran conocidas por Linneo.
En resumen: El sistema de Linneo se basó en el mundo macroscópico que podía observar directamente. El descubrimiento y la comprensión de los microorganismos como las arqueas y las bacterias solo fueron posibles con el desarrollo de microscopios avanzados y técnicas bioquímicas, mucho después del tiempo de Linneo.
