Una diferencia importante entre el dominio eukarya y los dominios bacteria y arquea es la presencia de un núcleo .

* células eucariotas (Dominio eukarya) tiene un núcleo verdadero verdadero encerrado dentro de una membrana, donde se almacena su material genético (ADN).

* células procariotas (Dominios Bacterias y Archaea) carecen de un núcleo. Su ADN se encuentra en una región llamada nuceoide , que no está encerrado por una membrana.