En el contexto de las enzimas de restricción, un palíndromo es una secuencia de nucleótidos que se lee igual hacia adelante y hacia atrás en ambas hebras de ADN. Estas secuencias palindrómicas sirven como sitios de reconocimiento para enzimas de restricción específicas, que son proteínas que escinden el esqueleto del ADN en sus secuencias objetivo o cerca de ellas.

Cada enzima de restricción reconoce y corta en una secuencia palindrómica específica. Por ejemplo, la enzima de restricción EcoRI comúnmente utilizada se une y escinde la secuencia palindrómica 5'-GAATTC-3'. Las dos hebras de ADN tendrán las siguientes secuencias complementarias en el sitio EcoRI:

Hilo superior:5'-...G AATTC... =...CTTAA G...-3'

Hilo inferior:3'-...C TTAA G... =...GAATTC...-5'

El palíndromo es evidente en las secuencias complementarias. Cuando EcoRI escinde el ADN, los dos extremos pegajosos resultantes también serán palindrómicos, lo que permitirá una fácil ligadura a otros fragmentos de restricción con salientes compatibles.

Además, algunas enzimas de restricción escinden la cadena de ADN dentro de la secuencia de reconocimiento, mientras que otras cortan algunos nucleótidos del sitio. Esta propiedad conduce a extremos romos o cohesivos (también conocidos como "extremos pegajosos") tras la digestión, respectivamente. Comprender el patrón de reconocimiento y escisión del palíndromo de las enzimas de restricción es crucial para manipular y analizar el ADN en ingeniería genética y aplicaciones biotecnológicas.