El Niño-Oscilación del Sur (ENSO) es un importante impulsor de la variabilidad climática y se sabe que tiene profundos impactos en los patrones climáticos en todo el mundo. Si bien la era moderna está bien documentada, se sabe menos sobre la variabilidad del ENSO durante el período preindustrial. Aquí, utilizamos un registro de isótopos de oxígeno de espeleotema de alta resolución de la cueva Hulu, China, para reconstruir la variabilidad de la temperatura de la superficie del mar (SST) del Pacífico tropical durante el último milenio. Nuestros resultados indican que los eventos de El Niño fueron más frecuentes durante la Anomalía Climática Medieval (MCA) que durante la Pequeña Edad del Hielo (LIA), y sus magnitudes fueron mayores durante la LIA temprana que a finales de la LIA. Estos hallazgos sugieren que MCA y LIA experimentaron una variabilidad ENSO distinta, lo que puede haber contribuido a las diferentes condiciones climáticas durante estos períodos. Nuestros datos proporcionan información valiosa sobre los modos naturales de la variabilidad de ENSO a lo largo de varios siglos y tienen implicaciones importantes para comprender la respuesta futura de ENSO al cambio global.