El efecto primario de la destrucción del hábitat es una reducción de la biodiversidad, que se refiere a la variedad y abundancia de diferentes especies de animales y plantas en un entorno particular. Cuando un animal pierde el hogar o hábitat natural que necesita para sobrevivir, sus números disminuyen rápidamente y avanza hacia la extinción. Se estima que entre 14,000 y 35,000 especies están en riesgo de extinguirse, y la destrucción del hábitat es una de las principales causas.
Polinización y dispersión de semillas

Tanto las plantas silvestres como las agrícolas dependen de la polinización para su reproducción. Las frutas y verduras, componentes clave de la dieta humana, dependen de las abejas y otros insectos para transferir el polen de flor en flor. Cuando la destrucción del hábitat reduce las variedades de estos polinizadores, los rendimientos de los cultivos también disminuyen. Por ejemplo, las abejas sin aguijón en Costa Rica que anidan solo en los bosques aumentan el rendimiento en las plantaciones de café ubicadas cerca de parches forestales en un 20 por ciento. Muchas plantas también dependen de los animales, particularmente los que comen fruta, para la dispersión de semillas. La destrucción del hábitat de animales de este tipo puede afectar severamente a las especies de plantas que dependen de ellos.
Regulación climática

La biodiversidad afecta el clima principalmente a través de la regulación de la cantidad de dióxido de carbono en la atmósfera. La destrucción de los hábitats forestales reduce la capacidad de los bosques para absorber dióxido de carbono. La tasa de crecimiento y la madera de una planta determinan la tasa de rotación de carbono dentro de ella. Los patrones del paisaje también son importantes ya que el secuestro de carbono se reduce en los bordes de los fragmentos de bosque. Los ecosistemas marinos también juegan un papel importante en el secuestro de carbono.
Control de plagas y enfermedades

Las plagas a menudo se dirigen a tipos específicos de plantas. Cuando se destruyen los hábitats y se reduce la diversidad de las plantas, el medio ambiente contiene más de un tipo particular de planta. Esto facilita la propagación de las plagas. La diversidad vegetal proporciona hábitats para una mayor variedad de insectos y otros animales y para los enemigos naturales de las plagas. Las enfermedades fúngicas de las plantas son más graves en las áreas de monocultivo donde se cultiva un solo tipo de cultivo.
Efectos indirectos

La producción de alimentos, vestimenta y refugio para los humanos depende de muchas maneras indirectas de la biodiversidad de los ecosistemas. . Una gran diversidad de cultivos agrícolas protege a los agricultores contra las malas cosechas. La destrucción de hábitats y la reducción de la diversidad de especies pueden hacer que los ecosistemas sean más vulnerables a las especies invasoras y afectar indirectamente la salud y el bienestar humanos. El efecto de las especies invasoras se ilustra con lo que sucedió cuando el bajo se introdujo en el lago Gatún, Panamá. La presencia de lobina resultó en la reducción de los depredadores de las larvas de mosquito y un aumento en la incidencia de la malaria.