El río San Joaquín se origina en las montañas de Sierra Nevada y fluye hacia el oeste a través del valle central de California. Se vacía en el río Sacramento cerca de la ciudad de Stockton, y luego fluye a través del delta del río Sacramento-san Joaquín antes de llegar a la Bahía de San Francisco.
Mientras que el agua del río San Joaquín finalmente llega a la Bahía de San Francisco, el río en sí no fluye directamente a través de la ciudad de San Francisco.
