Cuando se coloca en agua, un aminoácido:
* ionize: El grupo Carboxyl perderá un protón (H+), cargado negativamente (COO-), mientras que el grupo amino ganará un protón, cargando positivamente (NH3+). Esto se debe a que el grupo carboxilo es ácido y el grupo amino es básico.
* se comporta como un zwitterion: Un zwitterion es una molécula que tiene una carga positiva y negativa. Debido a sus cargas duales, el aminoácido podrá interactuar con moléculas polares y no polares en el agua.
* Forma enlaces de hidrógeno: Los grupos cargados en el aminoácido podrán formar enlaces de hidrógeno con las moléculas de agua, lo que lo hace soluble.
En general, un aminoácido colocado en agua actuará como un zwitterion , ser soluble y capaz de interactuar con ambientes polares y no polares.