El número de átomos de cada elemento presente en una molécula se indica con los subíndices .

Por ejemplo, en la molécula h₂o (agua):

* El subíndice "2" después de la "H" indica que hay dos átomos de hidrógeno.

* El subíndice "1" después del "O" (que generalmente no está escrito) indica que hay uno átomo de oxígeno.