En el ion IO4-, el átomo de yodo está rodeado por cuatro átomos de oxígeno, formando una estructura tetraédrica. El ángulo de enlace entre el átomo de yodo y cada átomo de oxígeno es de 109,5 grados. Este ángulo es consistente con la geometría tetraédrica del ion, que tiene cuatro enlaces equivalentes desde el átomo de yodo a los cuatro átomos de oxígeno.