El enlace intermolecular del metanol es el enlace de hidrógeno. El enlace de hidrógeno es una interacción dipolo-dipolo que se produce entre un átomo de hidrógeno que está unido a un átomo altamente electronegativo (como oxígeno, nitrógeno o flúor) y otro átomo electronegativo. En el caso del metanol, el átomo de hidrógeno del grupo hidroxilo está unido al átomo de oxígeno altamente electronegativo, lo que crea una carga positiva parcial en el átomo de hidrógeno. Esta carga positiva parcial puede luego interactuar con la carga negativa parcial de otro átomo de oxígeno en una molécula de metanol cercana, formando un enlace de hidrógeno.