La reacción química que tiene lugar se puede representar de la siguiente manera:
HIn (incoloro) + OH- (base) → In- (rosa) + H2O
Donde HIn representa la fenolftaleína protonada e In- representa el anión fenolftaleína.
El cambio de color de la fenolftaleína es reversible, lo que significa que puede volver a ser incoloro si el pH de la solución se reduce nuevamente agregando un ácido. Esta propiedad hace que la fenolftaleína sea un indicador útil para valoraciones ácido-base, donde se utiliza para señalar el punto de equivalencia, o el punto en el que el ácido y la base han reaccionado completamente.