La alfa amilasa es una enzima que hidroliza específicamente los enlaces alfa-1,4-glucosídicos en el almidón, el glucógeno u otros carbohidratos relacionados. Estos enlaces se encuentran entre las moléculas de glucosa en estos polisacáridos. Esta reacción de hidrólisis descompone los polisacáridos en unidades más pequeñas, como la maltosa y la dextrina, que el cuerpo puede metabolizar aún más.

El enlace hidrolizado por la alfa amilasa es un enlace alfa-1,4-glucosídico, que es un tipo de enlace covalente que une el primer carbono (C1) de una molécula de azúcar con el cuarto carbono (C4) de la siguiente molécula de azúcar. Este tipo específico de enlace se encuentra en los polisacáridos almidón y glucógeno, que están formados por largas cadenas de moléculas de glucosa unidas por enlaces alfa-1,4-glucosídicos.