Los aminoácidos también contienen un grupo amino (-NH2), que es un grupo básico. El grupo amino puede aceptar un ion hidrógeno (H+), lo que le da al aminoácido una carga neta positiva. Esta carga positiva es la que confiere a los aminoácidos sus propiedades básicas.
El equilibrio entre los grupos ácidos y básicos de los aminoácidos determina su carga general. A pH neutro, la mayoría de los aminoácidos tienen una carga neta negativa porque el grupo carboxilo es más ácido que el grupo amino. Sin embargo, algunos aminoácidos, como la lisina y la arginina, tienen más grupos básicos que ácidos y, por lo tanto, tienen una carga neta positiva a pH neutro.