La característica más importante de una molécula para los enlaces de hidrógeno es la presencia de un átomo altamente electronegativo, como oxígeno, nitrógeno o flúor, unido a un átomo de hidrógeno. Este átomo electronegativo atrae la nube de electrones del átomo de hidrógeno, creando una carga parcialmente positiva en el átomo de hidrógeno. Esta carga positiva parcial luego puede interactuar con la carga negativa parcial de otro átomo electronegativo, formando un enlace de hidrógeno.