Los microscopios se han utilizado en muchos campos diferentes para observar muestras diminutas. Existen varios tipos de microscopios, cada uno con sus propios métodos para ver diferentes aspectos de una muestra determinada. La mayoría de los microscopios tienen un conjunto de objetivos y una lente ocular que permite ver una imagen ampliada. También se puede agregar una cámara a muchos de los microscopios para tomar imágenes y analizarlas más tarde. Los microscopios de enseñanza suelen tener dos juegos de oculares para que otra persona pueda ver la misma imagen que la persona que opera el aparato.

Compuesto

El microscopio más económico y común utilizado en los laboratorios es el microscopio compuesto. Estos microscopios usan lentes de varias fortalezas para magnificar los objetos. Los microscopios compuestos generalmente tienen un ocular, un conjunto de espejos y lentes objetivos que funcionan juntos. Las imágenes se ven en dos dimensiones. Con la ayuda de un accesorio de cámara para microscopio, el observador puede guardar imágenes para analizarlas en otro momento.

Microscopio electrónico de barrido

El microscopio electrónico de barrido puede observar objetos con un 3-D imagen. Las imágenes tienen gran aumento y alta resolución, pero aparecen en blanco y negro. Para hacer las imágenes detalladas, una muestra está cubierta de partículas de oro. Los electrones rebotan en el dorado para producir la imagen. Este tipo de microscopio es útil para ver objetos muy pequeños en pequeños detalles y las imágenes se guardan para verlas más tarde. Los objetos comunes que se ven son imágenes detalladas de bacterias, virus y algunos componentes celulares.

Microscopio electrónico de transmisión

Este tipo de microscopio usa electrones para pasar a través de una muestra. Las imágenes bidimensionales se producen creando cortes delgados con alta resolución y gran aumento. Los microscopios electrónicos de transmisión son útiles para obtener imágenes a través del grosor de la muestra, no solo de la superficie. Debido a que son caros, es más probable que estos microscopios se encuentren en las principales instalaciones de investigación y universidades.

Estereoscopio

Los estereoscopios se pueden usar para ver objetos en tres dimensiones. El aumento no es tan fuerte como en otros tipos de microscopios, pero sí le permite ver detalles que de otra manera no se verían a simple vista. También se les llama microscopios de "disección", ya que se usan comúnmente para ayudar en la disección de muestras pequeñas.

Microscopio de fluorescencia

Los microscopios se pueden usar para ver diferentes aspectos de una muestra al variar la forma una imagen es creada. Los microscopios de fluorescencia usan colores de luz específicos para interactuar con los tintes. A medida que los tintes se iluminan, ciertas estructuras se pueden aislar y ver con sus respectivos tintes. Este tipo de microscopio es útil para observar proteínas específicas dentro de una célula. Por lo general, se adjunta una cámara para capturar imágenes del microscopio.