* por volumen: virus generalmente se consideran los microorganismos más pequeños, algunos son tan pequeños como 20 nanómetros de diámetro. Sin embargo, los virus no son organismos técnicamente vivos.
* por diámetro: Mycoplasma son un género de bacterias que se encuentran entre los organismos de vida libre más pequeños, con algunas especies que miden solo 0.1 micrómetros de diámetro.
* por tamaño del genoma: nanoarchaeum equitans es un tipo de arqueón con el genoma más pequeño conocido, que contiene solo 490,885 pares de bases.
En última instancia, el microorganismo "más pequeño" depende de sus criterios.
