La parte de una enzima que se une al sustrato se llama sitio activo. El sitio activo es una región específica de la enzima que se encarga de catalizar la reacción química que realiza la enzima. El sitio activo contiene residuos de aminoácidos que interactúan con el sustrato y facilitan la reacción. Estos residuos de aminoácidos están dispuestos de una manera específica para crear una bolsa o hendidura que es complementaria al sustrato. El sustrato se une al sitio activo a través de varios tipos de interacciones, como enlaces de hidrógeno, enlaces iónicos, fuerzas de van der Waals e interacciones hidrofóbicas. La unión del sustrato al sitio activo induce cambios conformacionales en la enzima, que acercan los grupos catalíticos de la enzima al sustrato. Esto permite que la enzima catalice la reacción química y convierta el sustrato en productos.