El enredo en artes de pesca, particularmente redes de enmalle y redes de arrastre, es la principal causa de muerte de ballenas francas en Argentina. Las ballenas francas se mueven lentamente y a menudo se acercan a la costa, lo que las hace vulnerables a enredarse. Además, las barbas de las ballenas francas, que utilizan para filtrar el alimento del agua, pueden enredarse en los aparejos de pesca, provocando lesiones y la muerte.

Otras amenazas para las ballenas francas en Argentina incluyen colisiones con barcos, contaminación acústica y degradación del hábitat. Las colisiones de barcos son una preocupación particular en áreas donde se sabe que las ballenas francas migran y se alimentan, como el Golfo San Matías y la Península Valdés. La contaminación acústica procedente del transporte marítimo, la exploración de petróleo y gas y otras actividades humanas también puede alterar la comunicación y el comportamiento de las ballenas francas. La degradación del hábitat, como la pérdida de bosques de algas y otras zonas de alimentación importantes, también puede reducir la disponibilidad de alimento y refugio para las ballenas francas.