Los nematodos del suelo representan un componente importante de las comunidades del suelo en los ecosistemas terrestres y juegan un papel importante en la regulación del ciclo de nutrientes y la salud del suelo. La tecnología de secuenciación de alto rendimiento se utiliza cada vez más en el estudio de la biodiversidad de nematodos. Un estudio reciente demuestra que la selección de diferentes cartillas y bases de datos influyó en la anotación de taxones de nematodos, pero la diversidad de la comunidad de nematodos mostró patrones consistentes entre diferentes tipos de vegetación.

Los hallazgos del estudio enfatizan que es necesario seleccionar cebadores y bases de datos apropiados de acuerdo con el nivel taxonómico objetivo. El hallazgo apareció en Soil Ecology Letters .

El surgimiento de la secuenciación de alto rendimiento ha transformado por completo el campo de la taxonomía molecular, puede capturar más detalles sobre la biodiversidad. Aunque la tecnología de secuenciación de alto rendimiento se ha utilizado durante más de diez años, la elección de los cebadores y las bases de datos afectará los resultados de la secuenciación. No obstante, pocos estudios han evaluado exhaustivamente los impactos combinados de diferentes cartillas y bases de datos en la identificación de comunidades de nematodos.

La montaña Changbai ofrece el mayor rango altitudinal de hábitats forestales bien conservados en el noreste de China. A lo largo del gradiente de altitud, las condiciones ambientales variables, como la temperatura, la humedad del suelo y el pH del suelo, han resultado en una tendencia evidente de la biodiversidad. Por lo tanto, las diferencias en diversidad y composición de las comunidades de nematodos del suelo en la montaña Changbai brindan una plataforma ideal para verificar la influencia de diferentes cebadores y bases de datos en la anotación de la secuenciación de nematodos.

El estudio comparó dos pares de cebadores (3NDf/C_1132rmod y NF1F/18Sr2bR) y tres bases de datos (NT_v20200604, Silva138/18s Eukaryota y bases de datos PR2_v4.5) para investigar las comunidades de nematodos en diferentes tipos de vegetación a lo largo del gradiente de elevación de la montaña Changbai.

Para el cebador 3NDF, el número de taxones anotados fue diferente entre las tres bases de datos a nivel de género y especie; mientras que para el cebador NF1F se encontraron diferencias significativas a nivel de familia entre las tres bases de datos. Entre diferentes bases de datos, también se descubrieron diferencias en los taxones de nematodos.

Cuanto más fino era el nivel taxonómico, menos taxones compartían las tres bases de datos. Los patrones de distribución de la diversidad de nematodos obtenidos por diferentes cebadores y bases de datos fueron similares entre diferentes vegetaciones. Por lo tanto, al elegir primers y bases de datos, debemos prestar más atención al nivel de clasificación de acuerdo con nuestras necesidades reales. En términos del efecto de anotación en este estudio, los cebadores 3NDF con la base de datos NT podrían proporcionar más información que otras combinaciones a nivel de género o especie.

Este estudio sugiere que cuando el objetivo principal es la investigación de la composición y taxonomía de las especies, el método de secuenciación todavía sufre de poca consistencia, por lo que la identificación microscópica tradicional sigue siendo indispensable. Por lo tanto, se necesitan más estudios y validaciones en el futuro para comparar en profundidad las consistencias de los métodos morfológicos y moleculares. Además, a pesar del rápido desarrollo de las técnicas moleculares, algunas bases de datos todavía tienen información incompleta. En el futuro, deberíamos complementar más cartillas e información de bases de datos para mejorar aún más la precisión del análisis molecular en la investigación ecológica de nematodos. + Explora más

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