Los agujeros negros más notables del juego son:
* El agujero negro en el centro de la galaxia: Esto se menciona en la tradición del juego y es lo que los espectros usan para viajar entre planetas y galaxias.
* Los agujeros negros en los niveles del juego: Estos se pueden usar para viajar rápidamente a otras áreas del nivel, o para alcanzar áreas inaccesibles.
Sin embargo, no hay un solo agujero negro llamado que se destaque como un punto focal importante en la historia de Spectrobes.