La resolución de un microscopio óptico está limitada por la longitud de onda de la luz. La luz visible tiene una longitud de onda de alrededor de 400-700 nm, lo que significa que los objetos más pequeños no se pueden ver con claridad. Muchos orgánulos son más pequeños, como los ribosomas, que tienen alrededor de 20 nm de diámetro.

Además, el contraste de un objeto debe ser lo suficientemente alto para poder verlo con un microscopio óptico. Esto significa que el objeto debe diferir significativamente en brillo o color de su entorno. Muchos orgánulos no contrastan mucho, como las mitocondrias, que suelen tener un color similar al del citoplasma.

Finalmente, el grosor de un objeto también puede afectar su visibilidad bajo un microscopio óptico. Los objetos demasiado gruesos pueden absorber o dispersar demasiada luz, lo que dificulta su visión. Muchos orgánulos son muy delgados, como el retículo endoplasmático, que tiene sólo unos pocos nanómetros de espesor.

Por todas estas razones, algunos orgánulos no se pueden ver claramente con un microscopio óptico. Sin embargo, existen otras técnicas que se pueden utilizar para visualizar estos orgánulos, como la microscopía electrónica y la microscopía de fluorescencia.