En el Revista de investigación del proteoma , los investigadores detallan un método para una identificación más precisa de extremófilos basado en fragmentos de proteínas en lugar de material genético. El estudio identificó dos nuevas bacterias resistentes de lagos de gran altitud en Chile, un ambiente como el Marte primitivo.

Aunque los humanos tienden a evitar establecerse en áreas extremadamente cálidas, frías o de gran altitud, algunos microorganismos se han adaptado a vivir en lugares tan hostiles. Estos microbios extremófilos son de interés para los astrobiólogos que buscan vida en otros planetas.

Actualmente, los investigadores utilizan la secuenciación de genes individuales para identificar microbios terrestres basándose en su ADN. Sin embargo, los métodos actuales no pueden distinguir especies de extremófilos estrechamente relacionadas. Entonces, Ralf Moeller y sus colegas investigaron si podían identificar un extremófilo utilizando su firma proteica en lugar de una secuencia genética.

Los investigadores comenzaron su demostración con muestras de agua de cinco lagos andinos de gran altitud, a más de 2,3 millas sobre el nivel del mar en el Altiplano chileno. (Como referencia, Denver está aproximadamente a una milla sobre el nivel del mar). A partir de las muestras, los investigadores cultivaron 66 microbios y luego determinaron cuál de los dos métodos identificaba mejor los microorganismos:

• La secuenciación genética tradicional comparó los nucleótidos del gen 16s rRNA (un gen típico para el análisis de microbios basado en secuencias) de cada muestra con una base de datos para su identificación.
• La nueva técnica de "proteotipado" analizó fragmentos de proteínas conocidos como péptidos para producir firmas peptídicas, que el equipo utilizó para identificar microorganismos a partir de bases de datos de proteomas.

Con estos métodos, los investigadores identificaron 63 de los 66 microorganismos que se cultivaron a partir de muestras de lagos de gran altitud. Para los tres microorganismos que la secuenciación genética no pudo identificar porque su información genética no estaba en la base de datos disponible, el proteotipo identificó dos tipos potencialmente nuevos de bacterias extremófilas.

Estos resultados sugieren que la proteotipación podría ser una solución más completa para identificar microorganismos extremófilos a partir de pequeñas muestras biológicas. El equipo dice que el perfil de proteínas algún día podría ayudarnos a buscar e identificar vida extraterrestre y explorar mejor la biodiversidad en nuestro propio planeta.