Los modelos físicos pueden resultar difíciles de crear, especialmente para sistemas complejos. También pueden resultar costosos y llevar mucho tiempo construirlos y mantenerlos. Es posible que los modelos físicos tampoco puedan representar con precisión todos los aspectos de un sistema, ya que algunos elementos pueden ser demasiado pequeños o complejos para modelarlos con precisión. Además, los modelos físicos pueden ser difíciles de cambiar o actualizar, ya que a menudo están fijos y no se pueden modificar fácilmente. Esto puede dificultar el seguimiento de los cambios en el sistema que se está modelando. Además, los modelos físicos pueden resultar difíciles de transportar y almacenar, ya que pueden ser voluminosos y pesados.