Uno de los principales candidatos para el origen de los magnetares ha implicado la presencia de un campo magnético muy fuerte en una estrella de neutrones que gira rápidamente. La formación de magnetares y los campos magnéticos se han atribuido tradicionalmente a los efectos de la rotación diferencial en la estrella de neutrones recién nacida. Sin embargo, las recientes simulaciones magnetohidrodinámicas en 3D de estrellas de neutrones con rotación diferencial generalmente han conducido a la formación de un dipolo magnético, en contradicción con la geometría del campo observada en los magnetares. Estos hallazgos apuntan a la necesidad de revisar los mecanismos estándar de generación de campos magnéticos en estas fuentes y han llevado a considerar diferentes escenarios para la formación de magnetares.

Se requiere un campo magnético de semilla muy fuerte (del orden de \( 10^{15} \) G) para que funcione el mecanismo de amplificación del campo magnético por rotación diferencial. Se han propuesto diferentes fuentes de dicho campo semilla, por ejemplo, campos creados por procesos de dinamo durante la evolución de la estrella progenitora, o campos amplificados durante el evento de colapso del núcleo que condujo a la formación de la estrella de neutrones. En cualquier caso, el campo magnético inicial debe ser simétrico y lo suficientemente fuerte como para evitar la disipación óhmica del campo magnético a través de los movimientos turbulentos del fluido que se desarrollan durante la evolución de la estrella de neutrones. Se ha sugerido que la convección que ocurre en las capas externas del magnetar recién nacido podría contribuir al confinamiento y amplificación de este campo.

Una posibilidad interesante es que el campo magnético semilla resulte del flujo magnético que el gas en acreción impulsa hacia adentro durante el retroceso de la supernova. La interacción magnetohidrodinámica de esta materia que cae con el campo magnético de la estrella de neutrones podría explicar varias propiedades clave observadas en los magnetares. En particular, se ha sugerido que podría dar lugar a una componente toroidal del campo magnético, la multipolaridad del campo observada, y posiblemente también explicar el origen de los magnetares de período ultralargo.