Las montañas innuitianas se encuentran en el Ártico canadiense, una región dominada por permafrost y glaciares. Si bien hay numerosos lagos y ríos dentro de la cordillera, los cuerpos principales de agua Asociadas con las montañas innuitianas se encuentran principalmente en las costas y islas circundantes circundantes . :

* Océano Ártico: Este es el cuerpo de agua más grande que rodea las montañas innuitianas, que abarca sus límites norte y occidental.

* Baffin Bay: Una gran bahía ubicada al este de las montañas innuitianas, separando la isla Baffin de Groenlandia.

* Lancaster Sound: Un estrecho que separa la isla de Baffin de la isla Devon, formando parte del pasaje del noroeste.

* Jones Sound: Un estrecho que separa la isla Devon de la isla Ellesmere, también parte del pasaje del noroeste.

* Davis Strait: Un estrecho entre Groenlandia y Baffin Island, que conecta Baffin Bay con el Océano Atlántico.

* Estrecho de Hudson: Un estrecho que conecta la Bahía de Hudson con el Océano Atlántico, ubicado al sur de las montañas innuitianas.

nota: Si bien existen numerosos lagos y ríos dentro de las montañas innuitianas, generalmente son más pequeños y no se consideran "cuerpos de agua principales" como los mencionados anteriormente.