Cuando se construyen piscifactorías a lo largo de la costa, los desechos pueden ir al agua circundante. Esto puede incluir alimentos no consumidos, heces y otra materia orgánica. Esto puede contaminar el agua y dañar el medio ambiente, incluso dañar los arrecifes de coral y matar peces.

Para reducir la contaminación de las piscifactorías, se pueden tomar una serie de medidas, entre ellas:

- Utilizar un sistema de contención cerrado, que evita que los residuos se escapen al medio ambiente.

- Utilizar filtros y otros sistemas de tratamiento para eliminar los residuos del agua.

- Limpiar periódicamente la piscifactoría y retirar residuos.

- Utilizar piensos diseñados específicamente para digerirse fácilmente y producir menos residuos.