Una crítica acertada al enfoque funcional estructural es que tiende a enfatizar demasiado la armonía y la estabilidad de la sociedad y restar importancia al papel del conflicto y el cambio. El enfoque supone que la sociedad es un sistema bien integrado donde cada parte contribuye al funcionamiento general del todo. Esto puede llevar a descuidar las formas en que los diferentes grupos e intereses dentro de la sociedad pueden entrar en conflicto entre sí y el potencial de cambio y transformación social.

Al centrarse en las contribuciones funcionales de diversas instituciones y prácticas sociales, el funcionalismo estructural puede pasar por alto las formas en que estas estructuras también pueden perpetuar la desigualdad, la opresión y la injusticia social. Puede no tener en cuenta las experiencias y perspectivas de grupos e individuos marginados que tal vez no se beneficien del orden social existente o no sean bien atendidos por él.

Además, se puede criticar el enfoque por ser demasiado determinista, al implicar que las estructuras e instituciones sociales tienen un propósito fijo e inmutable. Esto puede pasar por alto la naturaleza dinámica y evolutiva de los sistemas sociales, así como la agencia y la creatividad de los individuos y grupos para dar forma a sus propias realidades sociales.