Además, muchos elementos pueden existir en diferentes formas llamadas alótropos. Por ejemplo, el carbono puede existir como grafito, diamante y fullereno. Estos alótropos tienen diferentes propiedades físicas y químicas, lo que puede conducir a una diversidad aún mayor en las sustancias que se pueden formar.
Por último, las interacciones entre moléculas y átomos también pueden conducir a la formación de nuevas sustancias. Por ejemplo, cuando las moléculas de agua interactúan con el dióxido de carbono, pueden formar ácido carbónico. Esta reacción es responsable de las burbujas en las bebidas carbonatadas.